Els efectes secundaris més habituals de la vacuna del virus del papil.loma humà són vertigen, pèrdua de consciència, nàusees, febre, mal de cap i reaccions cutànies en el lloc de l’aplicació de la vacuna.
Aquests efectes adversos no són més freqüents que els propis de les altres vacunes incloses en els Programes Nacionals de Vacunació. Totes aquestes alteracions solen desaparèixer en un o dos dies.