Una histeroscòpia és un procediment segur, però al mateix temps és una maniobra potenciament agressiva.
Tot i que l’instrument s’introdueix per un canal natural (el coll uterí), el diàmetre del mateix, la seva elasticitat i la tortuosiatat fan que a vegades costi arribar a l’interior de la cavitat uterina.
Les complicacions més freqüents són la sensació de mareig o d’hipotensió derivades del pas de gas o líquid a l’interior de la cavitat. També pot ocórrer una perforació uterina. Un dolor d’espatlla en els primers moments pot ser degut al pas de gas a la cavitat abdominal a través de les trompes.