La práctica de la histeroscopia es un procedimienton seguro, aunque no deja de ser una maniobra potencialmente agresiva.
Si bien el instrumento se introdce por un orificio natural (el cuello uterino), el diámetro, la elasticidad y la tortuosidad del mismo no siempre permiten un acceso fàcil al interior del útero.
Las complicaciones más frecuentes derivadas de la realización de una histeroscopia pueden ser mareo, hipotensión (inducidos por las molestias derivadas de la introducción de gas o líquido en el interior de la cavidad), la perforación uterina, y un dolor referido a los hombros secundario al paso de gas a la cavidad peritoneal a través de las trompas que puede produir un reflejo debido a la irritación del nervio frénico que inerva el músculo diafragma.