Los efectos secundarios más comunes de la vacuna del virus del papiloma humano son desmayo, vértigo, náuseas, fiebre, dolor de cabeza y reacciones cutáneas en el sitio donde se aplicó la vacuna.
Los efectos adversos no son más frecuentes que para otras vacunas incluidas en los Programas Nacionales de Vacunación, y suelen desaparecer en uno o dos días.